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Kobato-kun et Osanai-san sont en première année de lycée. Même s'ils ne sont pas amants et ne dépendent pas de l'un et l'autre, ils entretiennent une relation particulière et mutuellement bénéfique. Ils désirent tous deux être des citoyens modestes et bourgeois de classe moyenne, terme qu'ils appellent "petits bourgeois". Cependant, ils se trouvent sans cesse confrontés à des mystères étranges, que Kobato-kun finit toujours par résoudre, bien qu'il ne désire pas se démarquer comme étant un génie détective. Pourtant, il se retrouve toujours piégé par les situations qui le forcent à démêler ces mystères. Sera-t-il un jour capable d'atteindre son statut de petit bourgeois ordinaire ?