Shuumatsu Nani Shitemasu ka? Isogashii desu ka? Sukutte Moratte Ii desu ka?

Il y a 500 ans, l'humanité a été massacrée par de mystérieuses et redoutables bêtes. Désormais, d'autres races sont menacées malgré le fait qu'elles vivent sur des îles flottantes. Seul un groupe de jeunes femmes, les Leprechauns réussissent à repousser les assauts de l'ennemi avec l'aide d'anciennes armes. Malgré cela, elles savent que chaque affrontement peut être synonyme de mort...

C'est dans ce contexte qu'un jeune homme fait son apparition après 500 années de sommeil. Il est le dernier humain présent dans le monde.