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Ichi est un adolescent malchanceux: il est le sous-fifre de ses camarades et ses parents ont des tendances sexuelles sadomasochistes. Progressivement, il développe une pathologie mentale et régresse jusqu'à avoir l'âge mental d'un enfant. Devenu psychopathe, il se fait manipuler par un homme tout aussi dérangé qui lui fait commettre des meurtres.

Suite à la disparition de Yoshio Anjô, le boss d'un gang de Yakuza, et d'une importante somme d'argent, son second Kakihara, un Yakuza masochiste et violent au sourire plus large que nature, va user de toutes les méthodes pour retrouver son boss. Kakihara va rapidement s'apercevoir qu'un tueur solitaire est responsable du meurtre de son patron ! Mais ce n'est pas tout : une guerre des gangs éclate entre des Yakuzas... Ce carnage est l’œuvre de Ichi, un véritable tueur à gage qui exécute ses cibles d'une façon effroyable, avec pour arme de prédilection, des chaussures aux lames acérées ! Maltraité durant son enfance, Ichi prend désormais un malin plaisir à éliminer les Yakuzas, tout en étant sous les ordres d'une mystérieuse personne se faisant appeler "Papy".